Будучи современником дзю-дзюцу, айки-дзюцу имеет три принципиальных отличия от него: во-первых, это чисто японское воинское искусство; во-вторых, приемы айки-дзюцу созданы на основе приемов владения самурайским мечом; в-третьих, методы айки-дзюцу основаны на принципах овладения и регулирования универсальной духовной силы — внутренней энергии ки. Благодаря последнему фактору айки-дзюцу в Японии считалось более высокой формой искусства по сравнению с дзю-дзюцу. В соответствии с традицией боевых искусств феодальной Японии, термин "айки" означал воздействие сильного духом человека на слабого духом с целью доведения последнего до состояния полной неподвижности, что соответствует основополагающему принципу айки-дзюцу — уберечь себя от ударов и удержать противника от их нанесения.
Легендарным создателем школы дайто-рю айки-дзюцу традиция называет Минамото-но Ёсимицу (1056—-1127), семья которого была одним из главных правящих кланов Японии того времени, из нее вышли многие известные борцы и правители — сегуны клана Минамото фактически господствовали в стране с конца XII века на протяжении полутора столетий. Ёсимицу и его старший брат Ёсинэ разработали новую систему боя на основе исследования строения костей и функционирования тела человека, но ее техника в деталях нам неизвестна. Ёсикие, старший сын Ёсимицу, переехав в район Кай, основал новую ветвь семьи Минамото — Такэда, и дайто-рю айки-дзюцу стало называться такэда-рю айки-дзюцу .
После гибели в столкновении с войском Токугавы Иэясу полководца Такэды Сингэна семья Такэда переселилась в провинцию Айдзу, правитель которой был ее союзником. Это было в 1573 году, а через девять лет непобедимая ранее кавалерия Такэды Кацуери, старшего сына Сингэна, была разбита в собственных владениях в провинции Кай, объединенными силами Токугавы Иэясу и Оды Нобунаги, а Кацуери лишил себя жизни методом сэппуку. Таким образом, единственным хранителем секретов искусства Минамото-но Ёсимицу, передававшегося от поколения к поколению самураев семьи Такэда, оказался переселившийся в Айдзу Такэда Куницугу. Через него дайто-рю айки-дзюцу (такэда-рю айки-дзюцу) оказалось передано верхушке клана самураев Айдзу . С XVII века айки-дзюцу развивалось преимущественно в рамках клана Айдзу. Первая из школ этого клана, сохранившая название дайто-рю, была основана Гото Таманэмоном-Тадаеси во второй половине XVII века, а полтора столетия спустя Такэда Такуми-но-ками Дзоэмон, также принадлежавший к клану Айдзу, основал школу такэда-рю.
Во второй половине XIX века глава клана Айдзу князь Сайго Таномо-Тикамаса создал собственную школу осикиути-рю, явившуюся синтезом дайто-рю и такэда-рю. Свое искусство князь передал, в частности, Такэде Сокаку Минамото-Масаеси, который основал четвертую школу айки-дзюцу, назвав ее дайто-рю (иначе — айки-дзюцу такэда-рю). Ученики Такэды Сокаку стали называть свое искусство айки-будо ("воинский путь соединения энергий"), считая себя продолжателями традиций японских воинских искусств будо. К таким школам относятся появившиеся на рубеже XIX--XX веков дайто-рю айки-будо мастера Такэды Токимунэ, Ёсэйкан айки-дзюцу мастера Мотидзуки Минору, тэнсин-седэн-катори синто мастера Сугино Ёсио. Ученик всех трех вышеперечисленных мастеров француз Ален Флоке создал первую в Европе школу айки-будо.
Одним из учеников Такэды Сокаку был Уэсиба Морихэй, впоследствии создавший на основе айки-дзюцу новую систему — айкидо. В молодости Уэсиба изучал дзю-дзюцу школы кито-рю, живя в Токио и имея там небольшой бизнес, но в 1912 году в возрасте 29 лет он переехал на остров Хоккайдо, который заселялся тогда по инициативе правительства, стремившегося сохранить его в составе империи. На Хоккайдо Уэсиба был представлен Такэде и в течение семи лет оставался его учеником. В 1916 году Уэсиба получил от учителя разрешение преподавать дайто-рю айки-дзюцу и в конце концов в 1936 году открыл свою собственную школу в Токио. Название своего стиля Уэсиба неоднократно менял, начав с "айки-будо" и закончив "айкидо". В 1941 году официальный союз японских боевых искусств Бутоку-кай признал уэсиба-рю айки-будо самостоятельной школой. В основном преподавание нового стиля шло в токийском додзе "Кобукан", открытом Уэсибой еще в 1931 году, то есть до того, как он заявил о создании собственной школы. Во время войны Уэсиба выехал из подвергавшегося бомбежкам Токио в маленькую деревню Ивама. Именно там в 1942 году им и было дано окончательное название своему искусству — айкидо. Там же было открыто новое додзе и заложен фундамент храма Айки-дзи. В айкидо основной акцент направлен на формирование личности посредством боевого искусства. Приемы дайто-рю айки-дзюцу, модифицированные Уэсибой, стали носить в основном защитный характер. Не случайно основополагающие принципы айкидо провозглашают: не противодействуй, но одолевай врага его же силой; убереги себя от ударов и удержи противника от их нанесения. Круговые движения в айкидо являются носителями живой созидающей силы, гасящий любой конфликт, присущий воинственному противостоянию. Защита базируется на принципе соединения энергий (айки) — энергии нападающего и энергии защищающегося, который стремится контролировать нападение изнутри, сломить волю к совершению зла. Айкидо — высоконравственная дисциплина, ибо стремится к сохранению физической целостности нападающего, что прямо противоречит сущности айки-дзюцу и большинства других боевых искусств.
Внешне айкидо походит на борьбу, но это не борьба. Айкидо не имеет в своем арсенале захватов и бросков, характерных для других боевых искусств. В айкидо нападение противника отражается путем осуществления таких захватов руками, которые направлены на то, чтобы лишить противника равновесия. Для этих целей усиленно развиваются кисти рук, запястья, отрабатываются хватательные движения, а также система нырятельных движений. Главное в схватке — уклониться от ударов и захватов, для чего используются приемы удержания и отдельные бросковые движения. Айкидо, предполагает координацию физических и духовных сил. Духовной основой айкидо выступает дзэн-буддизм, с которым связаны отработка навыков дыхания, концентрация внимания и самодисциплина. В результате упорных тренировок формируется связь между мыслью и движением, в нужный момент эта связь будет срабатывать на подсознательном уровне и каждый прием будет совершаться бессознательно. Любое физическое действие сопровождается воображаемым, помогающим создать образную картину, соотносимую с исполняемым упражнением.
В современном мире существует несколько стилей айкидо. Официальным считается айки-кай, преподаваемый в Токио прямыми потомками Уэсибы. Другие стили были созданы его учениками, среди них кобу-дзюцу-айкидо, кориндо-айкидо, оцуки-рю айкидо, омики-рю айкидо, есэйкан-рю айкидо. Среди новых стилей айкидо выделяется есинкан-рю айкидо — "школа храма воспитания Духа", созданная в 1955 году учеником Уэсибы Сиодой Годзо. Изначально Сиода изучал кэндо и дзюдо в школе своего отца, носившей название "Ёсинкан". Желание проверить свои знания по дзюдо привело его в 1932 году к Уэсибе Морихэю, тогда преподававшему дайто-рю айки-дзюцу. Дзюдо оказалось настолько неэффективным по сравнению с техникой айки-дзюцу, что 17-летний Сиода остался у Уэсибы. После второй мировой войны айкидо стало превращаться из боевого искусства в способ духовного развития. Сиода же начал развивать собственное направление, в котором сохранил эффективные методы единоборства. Ученики школы есинкан-рю славились выносливостью и хорошей подготовкой своих представителей и эффективностью их техники. Сиода Годзо был одним из немногих, кто соединил древние методы айки-дзюцу с техникой айкидо.